本发明公开了一种纸币检测系统用磁性旋转编码器，包括上下端开口的壳体，一端伸出壳体下端之外并由不导磁材料制成的转轴，套设于转轴上并与壳体内壁接触的轴承，设于转轴上端面中部的嵌环，设于嵌环内的永磁体，设于转轴上的用于消除永磁体下方的外部磁信号的下磁防护板，设于永磁体上方的壳体内壁上的电路板，设于电路板下表面上的磁传感器，设于电路板上部的壳体内壁上的上磁防护板，设于壳体上端的盖板，与磁传感器电连接的导线伸出壳体之外。本发明具有可将大部分外部磁信号的能量消除，抗干扰性好、信号稳定性好、输出信号精度高的特点。