本发明涉及水体净化微生物燃料电池滤坝，有效解决降解底泥有机污染物，获得电能输出，通过水体自有氧气及植物根系供氧完成硝化，通过阴极内缺氧微环境进行电化学反硝化，以利于河流等水体在线污染控制的问题，方法是，在河流缓流段构建生态滤坝，坝体上游的底泥内有沉积阳极，坝体高于液位，坝体的上游面和下游面呈斜面，构成坝顶高于液位的空心梯形，坝体内的空心中填充有导电性与生物相容性好的导电填料，导电填料内垂直置有伸出坝顶的碳棒，构成滤坝型生物阴极结构；沉积阳极与构成滤坝型生物阴极结构的碳棒之间经导线装有电压表，导电填料上部种植有水生植物，本发明易建造，成本低，使用效果好，有效解决去除污染，防止河流生态恶化。