本发明涉及一种用于动水岩溶管状裂隙丝瓜瓤注浆止水的方法包括以下步骤：1)在处于动水条件下的岩溶管状裂隙内分别设置多个注浆管口和多个丝瓜瓤，注浆管口插入丝瓜瓤的内部；2)通过注浆泵向注浆管口内注入水泥浆，水泥浆缓慢进入并充满丝瓜瓤后，再加大注入的压力，将注浆管口处的丝瓜瓤冲入岩溶管状裂隙的管心部位，使得丝瓜瓤与注入水泥浆在岩溶管状裂隙内部结合；3)当水不再从岩溶管状裂隙流出时，停止注入水泥浆。与现有技术相比，本发明在动水环境下，能够快速应用，并且工程量小，成本低，加固效果好。