本发明公开了一种代谢组学数据随机误差的筛选和校正方法，首先采用色谱‑质谱联用仪对样品进行分析得到代谢组轮廓，通过计算相邻两个质量控制样品(QC)中代谢物响应强度的比值，将比值从小到大排序后，筛选总比值个数的5％作为离散点，将这5％的离散点平均分配到排序后比值的两端，从而建立模型去筛选代谢组数据中的随机误差。然后利用比值的线性拟合模型对随机误差进行校正。本发明的核心在于通过代谢物在两个相邻QC样品中响应强度的比值构建模型去筛选和校正随机误差。本发明可以高效、准确地筛选和校正代谢组数据中的随机误差，改善代谢组数据的质量。