本发明涉及一种DNA测序的互信息图像配准方法及装置，方法包括:获取图谱信息，在对每个图谱的采样时间间隔内分别获取DNA图谱；获取所述DNA图谱的第一像素和第二像素；计算第一像素和第二像素的灰度均值的全局阈值T；计算第一像素和第二像素的方差σ2；若方差在预设范围内，则以T为全局阈值对所述图谱进行分割；获取四种荧光图像；以图谱为基准图像，对四种荧光图像进行互信息配准，得到配准后的荧光图像；在所述配准后的四种荧光图像中查找的磁珠中心点；对所述中心点进行融合处理，以获得融合后的磁珠中心点。避免了常规图谱中图像模糊不清，磁珠漏查的情况。并且，识别算法简单，速率快，提高了磁珠识别率。