本发明公开了一种从含独居石磷矿中综合回收磷和稀土的方法。该方法包括以下步骤：磷酸浸出含独居石磷矿，固液分离，得到含稀土磷酸一钙溶液和含独居石渣；在含稀土磷酸一钙溶液中加入萃取剂有机溶液，萃取回收磷酸一钙溶液中稀土，并得到含磷酸一钙的萃余液；回收含独居石渣中的稀土，并回收含磷酸一钙的萃余液中的磷。该方法利用其中独居石等难分解的稀土矿物的结构特征导致其分解条件相对于磷矿苛刻的特点，采用磷酸对含独居石磷矿进行浸取处理，将磷矿溶解生产磷酸一钙(Ca(H2PO4)2)进入液相，以使得磷灰石与独居石进行分离。分别对磷酸一钙溶液中和含独居石固体渣中稀土进行回收，提高了稀土回收率。