本发明提供一种地铁供电系统电能质量控制系统和方法，包括：采集装置，用于采集高压侧和低压侧的电压和电流；有源滤波器，用于根据采集到的电压和电流，计算得到谐波电流补偿值和无功电流补偿值，所述谐波电流补偿值等于高压侧的谐波电流分量与低压侧的谐波电流分量之和的相反数，所述无功电流补偿值等于高压侧的无功电流分量与低压侧的无功电流分量之和的相反数；监控装置，用于根据所述谐波电流补偿值、所述无功电流补偿值和所述有源滤波器的额定容量，确定所述有源滤波器的工作模式；还用于根据所述有源滤波器的工作模式、所述谐波电流补偿值和所述无功电流值生成电流补偿指令并发送至所述有源滤波器。