本发明公开了一种磁性纳米粒子/高分子复合Janus微粒及其制备方法与应用。该方法，包括如下步骤：1)将分散相和连续相分别注入到微流控芯片中的不同通道中，并使所述分散相和连续相最终混合，由微流控芯片的另一端得到单乳液滴体系；其中，分散相由磁性纳米粒子、高分子聚合物和有机溶剂组成；所述连续相为表面活性剂的水溶液；2)将步骤1)所得单乳液滴体系于室温静置后，再置于磁场中静置，静置完毕后加热除去体系中的所述有机溶剂，水洗即得。该方法新颖，工艺简单、设备常见，操控性好，功能强大。所得微粒单分散性良好，具有磁性，还可添加其他的功能材料，实现材料的多功能一体化。