本发明公开一种防治烟草番茄根结线虫制剂和应用。所述防治烟草或番茄根结线虫制剂的活性成分为一株解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)YN2010‑KC CGMCC No.5722的发酵液。本发明制剂不仅是一种微生物肥料，可显著促进植物生长，而且还是一种生物农药，对烟草根结线虫病的平均相对防效达78.32％；对番茄根结线虫病防效达74.50％以上，防治效果显著。本发明制剂生产成本低，施用方法简单易行，可直接拌种、灌根、且无毒、无污染、无残留、对人畜安全。