本发明实施例公开了一种多信号通道自动检测系统及方法，解决了目前的信号检测技术存在比对效率低，比对时间耗费的技术问题。本发明实施例多信号通道自动检测系统包括：控制端、标准信号处理器和待测信号处理器；标准信号处理器中设置有至少一个标准信号采集板卡和至少一个标准信号输出板卡，待测信号处理器中设置有复数个待测信号采集板卡和复数个待测信号输出板卡，待测信号采集板卡和待测信号输出板卡的数量相对应；控制端分别与一个第一标准信号输出板卡、一个第一待测信号输出板卡连接；未与控制端连接的第二标准信号输出板卡与标准信号采集板卡对应连接，未与控制端连接的第二待测信号输出板卡与待测信号采集板卡对应连接。