本发明公开了一种自动对焦窗口调整方法及系统。由感兴趣区域确定初始对焦窗口，对焦窗口边界上每一点由像高和像距计算得到其视场角，对焦过程中镜头位置改变时由新镜头位置获得新像距，用新像距和初始对焦窗口边界点的视场角计算获得新对焦窗口边界点的像高，形成新的对焦窗口，新对焦窗口边界超出图像接收面边界的部分用所在图像边界代替。本发明解决了数码相机自动对焦过程中放大率变化导致像漂移的问题，能够在未知物距的情况下快速地计算出放大率变化导致的像漂移量，进而调整对焦窗口，实现景物跟随。本方法不受图像模糊程度的影响，计算简单，稳健性好。