本发明提供了农业机械领域内的一种侧边立轴式双轴双层切削旋耕机，包括机架，机架上设有中间传动箱、第一侧传动箱和第二侧传动箱，机架两侧固定有左侧板和右侧板，左侧板和右侧板外侧分别连接有左轴承座和右轴承座，左侧板和右侧板之间可转动的连接有第一旋耕刀轴和第二旋耕刀轴，第一旋耕刀轴最左段安装在左轴承座中，所述第二旋耕刀轴最右段安装在右轴承座中，第一旋耕刀轴和第二旋耕刀轴上分别固定安装有第一旋耕刀组和第二旋耕刀组，第一侧传动箱和第二侧传动箱内分别设有第一立轴立铣机构和第二立轴立铣机构，本发明可保证双轴旋耕区域保持一致的同时避免第二侧传动箱和右轴承座拖土前进，该装置结构合理，耕作效率高，可实现深旋耕。