本发明公开了一种荧光光纤应变传感器系统的在线标定方法，(1)在测量光纤上选取一段光纤作为标准光纤STD；(2)对标准光纤施加一定的应变εSTD；(3)采用标准应变片测量标准光纤所受的应变εSTD，R；(4)采用荧光光纤常规测量方法测量标准光纤段所受到应变εSTD，F；(5)将标准应变片测量得到的应变εSTD，R与荧光光纤常规测量方法测量得到的应变εSTD，F进行对比，得到输出修正系数kFIX；(6)利用输出修正系数kFIX修正荧光光纤应变传感器系统输出的测量结果。采用本发明的在线标定方法能够有效提高荧光光纤应变传感器系统的应变测量精度。