本发明公开了一种中低速磁悬浮交通工程承轨梁低置线路与高架桥过渡段结构，包括路基、桥梁桥台、承轨梁、注浆管和排水沟，桥梁桥台包括台背主体和桥台锥体；承轨梁包括底板及设置在底板上的上部结构，底板埋在路基内，底板向下延伸有与所述榫槽相应的凸榫，凸榫放置于榫槽内所述凸榫和榫槽上均设置圆角，以使凸榫能在榫槽内转动；注浆管为多根并且这些注浆管设置于所述路基内。本发明通过低置线路承轨梁设置凸榫与高架桥梁榫槽搭接，避免了二者之间因地基处理措施不同造成的沉降错台，确保了磁浮F轨在低置线路与桥台相连位置不会产生沉降错台，有效满足磁悬浮交通工程高架结构与低置线路过渡段F轨的平顺性要求。