本发明公开了一种合成硒化葫芦巴多糖的方法，包括：葫芦巴多糖甲酰胺溶液的制备；离子液体的制备；离子液体对亚硒酸的活化；硒化葫芦巴多糖的合成。本发明采用离子液体活化亚硒酸，制备高活性硒化试剂，在温和条件下高效合成了具有生物活性的硒化葫芦巴多糖，硒含量达27554‑29773μg/g，所用试剂环保、制备简单，无需使用有毒的含硒中间体，无废液排放，有效缩短了反应所需时间，拓展了葫芦巴多糖作为天然活性物质的应用范围。活性试验表明，本发明合成的硒化葫芦巴多糖对HepG2肝癌细胞具有显著的体外抑制作用。