本发明公开了一种用于河道生态修复的下沉式河道湿地系统及构建方法。该湿地包括河道，所述河道沿水流方向交替设置为卵石浅滩区和下沉式种植区；所述卵石浅滩区的河床中铺设有卵石，形成卵石层；所述下沉式种植区的河床低于卵石浅滩区的河床，在所述下沉式种植区的河床上种植有具有净水功能的沉水植物，以使下沉式种植区形成生态景观区。其构建方法为先在待施工的河道中划定卵石浅滩区和下沉式种植区，再按预定深度挖下沉式种植区、安装石笼护壁，然后铺设卵石，最后在下沉式种植区种植沉水植物以形成生态景观区。本发明具有水体净化效果好、枯水期保证沉水植物生长量、汛期能有效避免高速水流对沉水植物伤害的优点。