本发明提供一种基于闪光X光机的超快X射线衍射成像方法及系统，包括闪光X光机，闪光X光机包括闪光X射线二极管，还包括衍射调节子系统、探测器子系统及辅助调节子系统；本发明方法采用新的衍射光路调节方法，即将直流X光机、衍射调节系统及计数型探测器组装，确定闪光X射线二极管管阳极特征线能量的精确衍射角后再使用面阵探测器。该方法可解决闪光X射线衍射光路调节困难的问题，同时确定的精确衍射角可提高衍射图像的信噪比，大大降低了系统的复杂度。