本发明公开了一种自动匹配序列剖面上的矿体边界线的方法，对序列剖面上的矿体边界线进行等角度变距离投影处理以及拓扑分析，将序列剖面上的矿体边界线划分到不同的拓扑空间中；若在同一拓扑空间中有至少三条矿体边界线，根据空间点自适应算法，对同一拓扑空间的矿体边界线进行二次划分，使序列剖面中的矿体边界线一一对应，能够有效地解决非共面的序列剖面的矿体边界线自动对比剖分问题，为实现三维知识驱动自动构模奠定了坚实的基础。该方法有效的解决了非地质工作者无法判定不同剖面上矿体边界线所属矿体块段的问题，极大地消减了矿体建模的工作量，避免了在面对相同的剖面数据的情况下，不同的工作人员所建矿体模型各不相同的尴尬局面。