本发明公开了一种复杂水库群共同供水任务分配方法，包括以下步骤：步骤1，按照水库群的拓扑结构和共同供水目标的分布情况，分层构建虚拟聚合水库，并编制相应的联合调度图；步骤2，分别针对并联和串联的两种拓扑结构,确定共同供水任务分配策略；步骤3，构建联合供水调度模型的目标函数；步骤4，采用多目标进化算法，优化联合供水调度模型的目标函数，得到相对最优的联合调度规则。本发明能够对复杂水库群联合供水进行统一调度，能捕捉入库径流的时空差异，充分发挥库群的库容补偿与水文补偿作用，最大程度地提高系统对水资源的优化配置能力，适宜在复杂水库群联合调度中的应用。可广泛应用于复杂水库群共同供水任务分配。