本发明提供了一种斑茅育种材料的筛选方法，包括以下步骤：收集斑茅资源，并对其进行表型性状的变异分析与性状间相关性分析；提取斑茅的基因组DNA作为模板，采用SCoT标记引物进行扩增，聚丙烯电泳检测扩增产物，获得DNA指纹图谱；对斑茅资源进行多态性分析和J遗传相似性系数分析，并构建UPGMA系统树；根据不同斑茅资源的不同生态位置、表型变异特点与系统树进行综合分析，得到筛选材料。采用本发明的技术方案，结合使用表型性状的变异分析与分子标记技术，使得筛选结果更灵敏、精确；综合评价了斑茅种质资源的利用潜力，筛选出了斑茅育种材料，为甘蔗育种服务。