本发明公开了柠檬色赤杆菌(Erythrobacter citreus)X3‑1411在制备纳米材料中的应用；所述柠檬色赤杆菌(Erythrobacter citreus)X3‑1411已于2016年3月29日保藏于中国典型培养物保藏中心，地址：武汉市武昌珞珈山，保藏号：CCTCC M 2016156。本发明还公开了一株柠檬色赤杆菌合成并进行自组装的生物纳米材料，由所述的柠檬色赤杆菌(Erythrobacter citreus)X3‑1411在含磷水体中合成并经自组装制备而成。本发明的菌株具有自絮凝和自组装的功能，菌株在降解水体中污染物的同时，还可以利用水体中原料在低浓度条件下合成钙磷纳米颗粒，且具有纳米自组装的能力，不需要额外投加化学试剂，环境友好成本低，实现了磷资源的循环利用。