本发明公开了一种具有微孔隙结构多孔底面的微通道换热器及其制造方法，该微通道换热器包括上下贴合在一起的上顶板和下底板，所述下底板的上表面设有若干条平行间隔排布的微通道，所述微通道的水力直径为100～1000μm，所述微通道底面为具有大量微孔隙结构的多孔表面，所述微孔隙结构的孔径为1～200μm、深度为1～200μm，能够显著增大换热面积、增加汽化核心，从而显著增强微通道换热器的传热性能。制备时，先通过微细电火花线切割加工出平行微通道，再利用低功率脉冲激光器在微通道底面激光加工形成具有大量微孔隙结构的多孔表面。本发明制造方法能够实现大面积扫描加工，生产效率高，热影响区小，操作简单方便，成本低廉，无污染。