本发明公开了一种对撑支护体系下用于控制基坑变形的深基坑施工方法，包括：开挖深基坑的对撑支护体系的对撑部位的土方；在所述对撑部位施工第一垫层；在所述对撑部位施工第一基础底板以封闭所述对撑部位；开挖深基坑的对撑支护体系的非对撑部位的土方；在所述非对撑部位施工第二垫层；在所述非对撑部位施工第二基础底板以封闭所述非对撑部位，进而将整个深基坑进行封闭。本发明对撑支护体系下用于控制基坑变形的深基坑施工方法，先开挖对撑部位的土方，再快速封闭对撑部位的垫层及基础底板，可以起到临时支顶基坑内力的作用，减少基坑无撑时间，减少基坑暴露时间，极大限度地控制基坑变形。