本发明公开了一种基于椭球的GNSS电离层层析投影矩阵获取方法，包括以下的步骤：S1：确定电离层层析待反演区域及待反演时段；S2：将待反演区域离散化为一系列三维像素；S3：准备电离层层析待反演区域及待反演时段内的GNSS卫星和GNSS接收机的大地空间直角坐标；S4：计算待反演时段内GNSS卫星到GNSS接收机的信号传播路径与三维像素各个面的交点；S5：计算三维像素内GNSS卫星信号的传播路径的截距长度；S6：构成投影矩阵。本发明通过基于椭球的GNSS电离层层析获取投影矩阵，克服了目前基于圆球提取投影矩阵方法时将地球椭球近似圆球的问题，保证了相对于地球椭球的投影矩阵能真实反映出GNSS信号传播路径在反演像素内的真实截距。