本发明提供一种数据通信网络中的动态流量估计方法及系统，该方法包括：获取数据通信网络中的链路负载、OD流、网络拓扑结构；将流量矩阵划分为趋势项和波动项；分别对链路负载矩阵、流量矩阵、OD流变化矩阵、链路负载变化矩阵做S变换；计算流量矩阵的趋势项的S变换结果估计值和OD流变化矩阵的S变换结果的估计值，并进行逆S变换，得到流量矩阵的趋势项的估计值和流量矩阵X的波动项的估计值；得到流量矩阵的估计值，进而估计出当前数据通信网络中的动态流量。本发明从时域和频域综合估计流量矩阵，从而避免在时域中分析和估计流量矩阵造成的估计不准确，流量矩阵的精确估计，能够监控网络流量的全部状态，了解网络流量的特性和流向情况。