本发明公开了一种氯碱离子膜生产中氯酸盐脱除的方法，氯碱离子膜生产中的淡盐水经加热器调节反应温度至50~55℃后进入中和反应曲径槽，在焦亚硫酸钠配制槽内配制焦亚硫酸钠饱和溶液，用输送泵通过流量计投加到中和反应曲径槽内，与淡盐水混合5~10分钟后，再加入氢氧化钠，通过PH在线监测仪自动调节控制反应液PH值为10~11，处理过的淡盐水送至溶盐地沟。本发明在氯碱离子膜生产法淡盐水中加入焦亚硫酸钠，并通过控制反应温度、PH值、焦亚硫酸钠及氢氧化钠加入量、氢氧化钠的加入时机，氯酸盐脱除率达96.3%，且脱除成本较低，并符合清洁生产的要求。