本发明提供了一种紫色马铃薯快速脱毒的组培方法，包括以下步骤：1)切取紫色马铃薯的芽茎段；2)将所述切下的芽茎段依次进行无菌水清洗、酒精瞬时消毒、消毒液浸泡消毒和无菌水冲洗，得到消毒后的芽茎段；3)将所述消毒后的芽茎段置于超净工作台，在显微镜下剥离芽茎段顶端的茎尖，然后将茎尖接种在培养基中进行一次组织培养，得到一次试管苗；4)剥离所述一次试管苗的茎尖，进行二次组织培养，得到二次试管苗；5)重复所述步骤4)的剥离和组织培养，所述重复的次数为3～5次，得到脱毒的试管苗。本发明所述方法培养的紫色马铃薯的脱毒率高达93％，繁殖周期缩短至2～4个月，可实现紫色马铃薯的批量快速繁殖，降低培养成本。