本发明公开了一种基于水动力条件的鱼类栖息地划分方法，包括如下步骤：(1)确定鱼类栖息地划分边界范围；(2)确定特征鱼类及水动力特征因子；(3)对鱼类栖息地予以分区；(4)对鱼类栖息地予以分级；(5)对鱼类栖息地保护措施予以分类；(6)对鱼类栖息地保护予以量化评价。本发明在基于水流运动指标、水流能量指标两种类型水动力特征因子条件要求下，按照鱼类栖息地保护范围分区、保护程度分级、保护内容分类的划分原则，从源头规划与部署了河流鱼类栖息地的修复、调度及科研工作要求，填补和完善了我国河流鱼类栖息地保护理论与技术研究体系，实现了社会效益、经济效益和环境效益的共赢。