本发明公开了一种靶向敲除FTO基因的sgRNA及CRISPR/Cas9慢病毒系统与应用。该sgRNA选自DNA序列如下的FTOsgRNAsp2或FTOsgRNAsp3。该sgRNA对FTO基因的切割效率高。将含有该sgRNA的CRISPR/Cas9慢病毒系统转染SV‑HUC‑1，得到的细胞株FTO蛋白表达水平显著降低。因此，本发明提供的sgRNA能有效靶向敲除FTO基因，将其构建入CRISPR/Cas9慢病毒系统，该系统能敲除FTO基因，得到敲除FTO基因的细胞株，从而有利于研究细胞株中的FTO的作用机制。