本发明提供了一种电动自行车用控制系统，包括多功能面板、尾部控制盒和充电器，多功能面板包括面板主体，上端面卡接有显示屏，下端面的支架连接有扣环；尾部控制盒包括设置有电源插口的控制器、设置有电子锁的控制器壳体和设置有电源插头和锁槽的电池盒，控制器壳体与电池盒滑动连接；充电器包括充电器主体和设置为流光线的充电线，充电器主体内设置有电量计算模块和指示灯控制模块，充电器主体上的指示灯与指示灯控制模块连接。本发明提供的电动自行车用控制系统，安装结构简单，显示屏维修、更换便捷，电池盒拆装方便，面板和控制器采用隐藏式接线保护接头不受损且使布线清楚，充电器能够显示已充电量并提示充电线处于正常使用状态。