本发明公开了一种聚集诱导发光纳米粒子及其制备方法和用途，其制备方法包括以下步骤：将式I所示的聚集诱导发光化合物和两亲性聚合物溶解在水溶性有机溶剂中，然后加入到水中，超声反应；将有机溶剂挥发除去，形成负载了聚集诱导发光化合物的纳米粒子；在纳米粒子水溶液中加入细胞穿透性多肽，反应后形成可高效染色细胞的聚集诱导发光纳米粒子。本发明的荧光粒子可用于干细胞长期分化示踪，尤其是小鼠骨髓间充质干细胞向成骨细胞分化过程的示踪。与现有的商品化示踪试剂仅能示踪细胞分裂增殖6代相比具有更好的示踪效果，可追踪细胞分裂增殖超过12代。而且该聚集诱导发光纳米粒子具有高细胞染色效率，长期示踪能力，高光稳定性及低细胞毒性等优点。