一种减小离子迁移谱仪离子门感应冲击的装置和方法，该装置包括双极性可调离子门驱动器，其包括信号发生器和两个直流可调隔离电源，两个直流可调隔离电源分别对离子门上两组电极输出电压，信号发生器控制两个直流可调隔离电源对离子门上两组电极输出电压的相位，通过调节两个直流可调隔离电源的输出以实现对离子门上两组电极电压幅值差的调节，和/或通过调节信号发生器的输出以实现对离子门上两组电极电压相位差的调节，从而使离子门两组电极电压跳变产生的电磁辐射有效地相互抵消。该方法通过调节离子门两组电极上驱动电压的幅值和/或相位减小其空间电磁辐射感应冲击，进而有效减小由于离子门电压跳变而在法拉第盘上形成的感应冲击。