本发明特别涉及一种防水构筑物变形缝处中埋式橡胶止水带系统及其施工工法。防水构筑物变形缝处中埋式橡胶止水带系统包括生橡胶片A、生橡胶片B、止水带，生橡胶片A包括上分支、下分支及上分支、下分支的连接件，上分支下面设置止水带、生橡胶片B，下分支上面设置止水带、生橡胶片B。本发明通过水平或立体交叉形式止水带，解决了交叉位置连接困难及连接处强度低的问题；本工法优化热熔连接方法，采用两层生胶增加了连接强度；止水带底部或两侧增设约束筋固定及优化模板拼装方法，解决了混凝土浇筑时止水带易偏位问题；通过改进止水带位置混凝土浇筑及振捣工艺，提高了变形缝处混凝土密实度。