本发明公开了一种多柱正交轴逆流色谱仪，包括机箱、支撑架、分离柱组件和电机，其中，所述支撑架安装在机箱的内部，电机通过第一传动机构带动所述支撑架沿水平方向旋转；分离柱组件包括四个分离柱，四个分离柱大体对称地分布在支撑架的左右两侧，同一侧的两个分离柱的转动方向不同；不同侧的位于交叉位置上的两个分离柱的转动方向相同。多柱正交轴逆流色谱仪采用分离柱代替解绕轴的方法实现软管解绕，通过传动机构使分离柱的旋转方向不同，解绕管单独解绕，保证了解绕的可靠性；分离柱通过法兰轴承安装在支撑架上，可以通过拆卸在分离柱两端安装的法兰轴承实现分离柱的更换，进而方便更换不同类型的分离柱。