本发明公开了一种自动装置高精度守时方法，具体包括以下几个步骤：FPGA在具备GPS授时脉冲时，对RTC脉冲进行频率和相位校正；利用校正后的RTC脉冲进行计数产生一个GPS授时脉冲频率和相位同步的中断信号；CPU在收到中断请求后对内部计数器插值平滑得到准确的纳秒时间信息；在GPS授时脉冲丢失后CPU利用插值平滑后的时间信息进行系统守时。本发明在不改变原来RTC电路拓扑的基础上，利用RTC脉冲进行守时，在降低设计成本的同时，又能满足电站二次自动化设备装置对于守时精度的要求。