本发明公开了一种锚固系统内部缺陷分布的多尺度熵表征方法，包括：利用基于应力波法的锚杆锚固质量无损检测仪器对工作现场需要检测的锚杆进行进行检测，识别出锚杆锚固长度，对该无损检测信号进行经验模态分解，分解成一系列的按照信号频率高低排列的本征模态函数，利用傅立叶变换计算各层本征模态函数的频率，将频率大于1kHz的本征模态函数和最后一层本征模态函数舍弃，将频率小于1kHz的各层本征模态函数叠加在一起，重构出新的信号用于多尺度熵分析。本发明通过度量反射信号的复杂性来刻画反射信号的改变程度，进而识别出锚固缺陷的位置，该方法能够有效判定锚固缺陷的位置，准确评价锚固质量。