本发明涉及一种主站AVC系统与子站SVG系统的协调控制方法，包括：在主站AVC系统中增设子站SVG的量测量，建立子站SVG系统的参数模型；设置子站SVG系统的各个SVG单元对应的主变压器；主站AVC系统进行全网无功优化计算子站SVG的无功需求量；主站AVC系统获取子站SVG系统的无功需求量和当前各个SVG单元的无功实时值、稳态调节下限值、稳态调节上限值，并依据无功分配方式分配无功调节量并下发至各个SVG单元；子站SVG系统的各个SVG单元，根据所属的子站SVG系统的投入状态、对应主变压器及闭锁状态进行电压无功调节。本发明优化了电网内电压无功的调节，降低电压波动范围，提高电压的稳定性和可靠性，实现对无功的连续本地补偿，降低电网内的流动性无功，降低电网的损耗。