本发明公开了一种对鱼道中洄游鱼类进行观察采集的系统。它包括观察系统，采集系统；所述观察系统设置于所述鱼道主体侧方或所述鱼道主体内，所述采集系统设置于所述观察系统侧方。它克服了现有技术在鱼道侧壁直接设置观察室、仅能够进行观察和计数、无法采集鱼类或采集量小，效率低，完整统计需要多次捕捞，易导致鱼类死亡，影响鱼道的正常过鱼运行的缺点；具有观察、监测、计数、采样功能，不影响鱼道正常运行，鱼类采集效率高，对鱼类伤害小，不影响鱼类资源，可通过不同闸门的启闭调整水流走向以对观察室玻璃窗进行清理维护的优点。本发明还公开了对鱼道中洄游鱼类进行观察采集的方法。