本发明公开了一种启动一体化短程硝化‑厌氧氨氧化工艺的方法。在CANON反应器中按比例加入准备好的短程硝化活性污泥，对短程硝化活性污泥采用2.5 mg/L的NaCl进行24 h浸泡处理，再加入厌氧氨氧化颗粒污泥。CANON反应器采用间歇方式运行，一个运行周期包括进水、反应、沉淀及排水四个阶段，在反应阶段进行机械搅拌和曝气，通过DO在线控制反应进程，当CANON反应器中DO浓度持续高于1.2 mg/L时立即停止曝气，运行51 d后完成整个过程。本发明提供了一种快速高效启动一体化短程硝化‑厌氧氨氧化工艺的方法，解决了现有一体化自养脱氮工艺启动时间慢、运行条件苛刻，总氮去除效果不稳定的问题。