本发明公开一种以颗粒菌藻系统为核心的污废水处理方法，尤其低C/N污废水的处理方法，以颗粒菌藻为核心，构建包括格栅调节池、厌氧反应池、砂滤罐、菌藻反应池、沉淀池的处理系统。在颗粒菌藻反应池中，在适宜培养条件下，通过改变水力条件使菌藻反应池内形成IC内循环涡旋流动，在剪切力作用下，使微藻与活性污泥相互包裹在一起，最终形成以污泥为核心外围包裹着微藻的菌藻颗粒胶团。该颗粒菌藻系统不仅可大幅提高藻类反应池的生物量，提升污染物去除能力；而且颗粒菌—藻沉降性能好，通过普通重力沉淀池即可实现藻水快速分离。本发明所述的方法具有高效去除污水污染物，提高资源利用率，经济，环保的优点，具有极大的应用前景和意义。