本发明涉及一种自耦电力电子变压器及其输出功率的控制方法和系统，自耦电力电子变压器包括公共直流电容和若干个相单元电路，相单元电路包括第一电感、第二电感、N个H桥模块和N个隔离型双向DC/DC模块；各隔离型双向DC/DC模块一端并接公共直流电容，另一端与对应的H桥模块直流端口连接；各H桥模块交流端口依次级联，第一电感一端与第1个H桥模块交流端口第一出线连接，另一端与第N个H桥模块交流端口第二出线构成高压端口；第二电感一端与第k个H桥模块交流端口第一出线连接，另一端与第N个H桥模块交流端口第二出线构成低压端口，且2≤k≤N。本发明的自耦电力电子变压器具有效率高、功率可控性强、体积小等优点。