本发明公开了一种防止核电站主蒸汽管道超压的控制系统和控制方法，属于核安全技术领域。所述系统包括：凝汽器，反应堆，汽轮机，安装在主蒸汽管道与凝汽器相连接的管道上的旁路阀，与凝汽器相连接并用于测量凝汽器压力数值的检测单元，以及与所述检测单元通讯连接并用于根据所述凝汽器压力数值向反应堆发出核岛跳堆信号及向所述旁路阀发出阀门开启或者关闭信号的控制器；本发明通过引入“凝汽器故障”信号，参与汽轮机及反应堆的控制保护，启动旁路排放阀门，达到提前干预机组状态的目的，保证跳堆后的主蒸汽排放时间，有效防止主蒸汽管道超压。