本发明公开了一种基于零自相关码的FBMC系统的同步方法，包括以下步骤：1)发射机和接收机构造相同的具有零自相关特性的符号，发射机通过该符号构造同步符号并发送；2)接收机利用相同的零自相关码符号，通过计算实时度量值和实时阈值，判断两个值的大小，确定定时点，利用定时点的度量值计算频偏误差。本发明基于可以通过FBMC系统产生的零自相关码改造定时度量函数，提高了系统数据传输效率。与传统的方法相比，本发明具有更高的估计精度，对复杂信道不敏感，提高了通信可靠性。