本发明公开了一种电路板结构与其制造方法。该电路板结构的制造方法包含以下步骤。首先，在承载基板上形成第一线路层。接着，在承载基板与第一线路层上形成第一介电层。然后，在第一介电层中形成裸露部分第一线路层的至少一个第一孔洞。接着，在第一介电层与第一线路层上形成第二介电层。然后，在第二介电层中形成裸露部分第一介电层的至少一个沟渠与裸露部分第一线路层的至少一个第二孔洞。最后，形成填满沟渠与第二孔洞的金属层。通过让沟渠与第二孔洞同时形成，填充在第二孔洞中的导电孔在第二介电层中所占的空间将能有效减少，因而增加第二介电层可以设置线路层的空间，进而提升电路板结构的布线密度。