本发明提供了一种基于金属卟啉的聚合物整体柱及其制备方法与应用，其制备方法包括如下步骤：（a）以N,N‑二甲基甲酰胺为溶剂，将金属卟啉、甲基丙烯酸缩水甘油酯、交联剂、致孔剂、引发剂、FeCl2催化剂混合均匀，得到预聚混合溶液，通入氮气除去氧气；金属卟啉中的金属为任一种过渡金属，优选Fe或Zn，金属卟啉与甲基丙烯酸缩水甘油酯的质量体积比为1g∶100~200mL；引发剂为CCl4，与甲基丙烯酸缩水甘油酯的体积比为1∶2~4；（b）将步骤（a）所得混合溶液装入柱管，密封，进行活性可控原子转移自由基聚合反应；（c）反应完成后，通过色谱系统除去可溶性物质，即可得到基于金属卟啉的聚金属卟啉整体柱。本发明基于金属卟啉的聚合物整体柱结构均匀，对蛋白质具有优异选择性，分离效率高。