本发明公开了一种梯度高纯熔融石英坩埚的制备工艺，包括：在不同容器中按照相同的工艺球磨高纯的熔融石英浆料和普通纯度的熔融石英浆料，并分别添加高纯度石英颗粒和普通纯度石英颗粒配制成可用于浇注的熔融石英浆料，且所述高纯度石英颗粒和普通纯度石英颗粒具有相同粒径分布；在浇注的模具中放置一层有机物隔离膜，通过可拆卸的骨架结构控制隔离膜形状和位置从而确定模具内、外注浆空间的比例；分别将高纯度石英浆料和普通石英浆料注入隔离膜的内层和外层的模具中；通过干燥或者热引发固化使坩埚毛坯具有强度；将成型后的坩埚毛坯进行打磨修正后放入窑炉中进行烧结；等步骤。本发明可避免石英坩埚对多晶硅的污染，降低坩埚在铸锭过程中结晶速率。