本发明公开了一种适于核酸诊断系统的双排核酸提取盒，包括盒体，盒体的左、右两端均设置有导向槽，盒体的前侧设置有防脱板，盒体的底板上沿其纵向间隔设置有第一隔板和第二隔板，所述第一、第二隔板将所述盒体隔成提纯物存放区、试剂存放区和反应区。本发明采用双排设置，节约空间，满足小型核酸提取仪的需求；提纯管上开口、试剂仓上开口和反应仓上开口的位置呈台阶式分布，使提纯物存放区、试剂存放区和反应区分割开来，避免样品污染；刺破器每次可同时刺破两个试剂仓上的封膜，提高工作效率；试剂仓下部呈倒锥形结构，使试剂仓内的无用试剂量最小化；反应仓和第一、第二枪头仓间隔设置，便于在反应仓下部放置富集装置，提高富集速率。