本发明公开了一种水下无人平台飞行器自主测发控系统，包括测发控平台设备与飞行器上设备，测发控设备通过接收平台遥测设备对应指令，自主完成对飞行器单项诊断、集成测试等测试，自主完成飞行器测发射控制及故障自适应处理。本发明采用以飞行器上系统自主测试为主、发射平台测试为辅的解决思路，实现飞行器系统自测试、自诊断；同时，将部分发控单元经过充分小型化后由发控平台移植到飞行器上，实现飞行器发射控制功能自主完成，简化了飞行器与发控系统电气连接复杂度，增强了系统并行发控能力。