本发明提出一种适用于时间触发以太网的分布式容错时钟同步方法及系统，涉及通信网络中的时钟同步技术领域，该方法包括步骤1，当每个同步主节点在本地时钟为零时刻时，向系统广播协议帧，每个节点接收其他节点广播的所述协议帧并记录所述协议帧的到达时刻及透明时钟值，同时根据广播协议将所述协议帧转发至其他节点，并且修改所述协议帧的透明时钟值，其中所述节点包括所述同步主节点，或所述同步主节点与同步从节点；步骤2，在一个周期结束前的固定时刻，每个节点将一个周期内收到的所有所述协议帧计算平均偏差时钟，采用容错中值法保证所有无故障节点的时钟维持同步状态，并根据计算出的平均偏差时钟对节点的本地时钟进行修正。