本发明涉及一种基于二级质谱的全离子监测定量方法，该方法包括质谱数据采集和质谱数据处理两部分。质谱数据采集是通过将肽段液相分级和质谱气相分级技术相结合，并采用无动态排除的数据依赖性质谱扫描模式进行质谱数据的采集，从而实现对所有肽段的碎片离子的质谱全采集。完成质谱数据采集后，将归属于同一条肽段的多重标记肽段的二级谱子离子的质谱峰强度进行比较，进而实现不同样品间蛋白质的定量分析。该方法具有检测灵敏度高、噪音干扰低、重现性好、定量准确度高的优点，并在蛋白质组学的规模化定性和定量分析方面有着广阔的应用前景。